Международная группа исследователей из Великобритании и Гамбии под руководством Марка Паллена (Mark Pallen) и Мартина Антонио (Martin Antonio) предложили новый способ диагностики туберкулеза. Новый подход не требует длительного культивирования микобактерий. Для их обнаружения используются методы метагеномики — секвенирование ДНК непосредственно из взятой у больного мокроты.
Метагеномика — раздел молекулярной генетики, изучающий «метагеном» — генетический материал, получаемый напрямую из образцов среды. Традиционное секвенирование геномов полагается на культивируемые клоны культур. Широкое развитие метагеномики в последнее время обусловленно распространением методов секвенирования нового поколения, более доступных и надежных. Основным отличием при использовании метагеномного подхода является учет некультивируемых микроорганизмов наряду с культивируемыми.
Авторы отмечают, что секвенирование позволяет диагностировать заболевание всего за несколько дней. Традиционный бактериологический подход заключается в микроскопическом исследовании и культивировании бактерий. Основные принципы не изменились с начала его использования в с 1880 году. Анализ может потребовать несколько недель. Существенным недостатком микроскопии является то, что подобная методика не всегда позволяет определить, к какому именно штамму относится та или иная бактерия.
Ученые проанализировали последовательности ДНК, полученные после секвенирования геномов бактерий, присутствовавших в образцах мокроты, взятых у 8 больных. Во всех образцах присутствовал микроорганизм Mycobacterium tuberculosis , а в двух из них были обнаружены микобактерии Mycobacterium africanum, которые являются специфичным видом для Западной Африки.
В других работах использование этого же подхода позволило ученым восстановить последовательность геномов микобактерий, обнаруженных в теле 200-летней мумии, найденной в Венгрии.
Ученые считают, что метагеномика позволит диагностировать не только туберкулез, но и заболевания, возбудителями которых являются сразу несколько бактерий.
Комментарии